Les principales missions de l'ALAHMI sont les suivantes :

 Accueillir, héberger, soigner et d’assurer le bien-être et le mieux être des personnes adultes et enfants présentant différents handicaps : polyhandicap, déficience intellectuelle profonde ou moyenne avec ou sans troubles associés, autisme, troubles envahissants du développement.

 Proposer un accompagnement éducatif et pédagogique, contribuant à l’évolution et/ou au maintien des capacités intellectuelles et physiques de la personne.

 Veiller au maintien pour ces personnes d’un lien social avec l’environnement en multipliant les sorties et les contacts.

 Mettre en place des activités destinées à l’épanouissement des personnes hébergées permettant le maintien et/ou l’évolution des acquisitions.

L’Association est administrée par un Conseil d’Administration, composé de représentants des familles, d’élus et de bénévoles. Participent également à ce conseil, avec voix consultative, le directeur général de l’association, les directeurs d’établissements et un représentant du comité d’entreprise de chaque site.
Le Conseil d’Administration élit un Bureau, organisme permanent de contrôle de la gestion de l’Association et des établissements.